Botanični vrt je razdeljen na več enot, ki si jih lahko ogledate tudi na zemljevidu.
Arboretum (1): del vrta, kjer so predstavljeni predvsem različni predstavniki dreves in grmovnic. Večji del arboretuma je v najstarejšem delu vrta.
Rastlinski sistem (2): rastline so razvrščene po sorodstvenih kriterijih. Na gredah v osrednjem delu vrta je predstavljeni okrog 80 različnih družin, ki so zastopane z različnim številom rodov.
Bazeni z vodnimi, močvirskimi rastlinami in bajer (3,4): tukaj rastejo predvsem močvirske in vodne rastlin, ki zahtevajo posebne razmere, da lahko uspevajo zunaj naravnih rastišč.
Skalnjak (5): z rastlinami iz gorskih predelov in Krasa, ki so razporejene glede na različen geografski izvor, zato jih imenujemo tudi ekološko-geografske skupine (5).
Rastlinjak (6): v njem rastejo zlasti predstavnice tropskih rastlinskih vrst, ki potrebujejo višjo zračno vlago in bolj ali manj enakomerno temperaturo čez vse leto. Odprt po urniku.
Tropski rastlinjak (7): v njem so po posameznih kontinentih razporejene tropske rastline. Odprt po urniku.
Sredozemske rastline (8): v velikih loncih so predstavljene sredozemske rastline iz različnih koncev sveta. V zimskem času jih prenesemo v rastlinjak.
Tematski vrt (9): letos je v okviru tematskega vrta predstavljen zelenjavni vrt.
Gojitveni del (10): sestavljajo ga grede za vzgojo in množenje rastlin, namenjenih za zasaditev v različne dele vrta, obenem pa je to tudi prostor za raziskovalno delo. Ogled je možen le s strokovnim vodstvom.
Raziskovalne zbirke (11): V raziskovalnih zbirkah so zastopane vrste in rodovi naše flore katere še posebej raziskujemo v botaničnem vrtu.
