Prva ovira v nemotenem delovanju, s katero se je soočila naša najstarejša kulturna in znanstvena ustanova, je bil postopek za denacionalizacijo dela zemljišča. Ta je že uspešno rešen, saj je s posredovanjem vodstva vrta denacionalizacijska upravičenka sprejela odškodnino državnega sklada. Prostorskim pa so se pridružile tudi finančne težave. Botanični vrt, ki je tudi do zdaj deloval s skromnimi sredstvi, pridobljenimi s projekti, vodenjem po vrtu in od edinega rednega plačnika, to je MOL, je letos izgubil prav podporo MOL. Tako lahko vrt zdaj računa le na mesečno nakazilo ministrstva za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo (MVZT), ki zagotavlja plačilo dveh vrtnarjev s končano srednješolsko izobrazbo, čeprav plačilo v resnici dobiva tudi delavec z visokošolsko izobrazbo. Poleg tega "ministrstvo, pristojno za investicije v botaničnem vrtu, doslej ni še ničesar prispevalo", pravi poslanec SD Samo Bevk v poslanskem vprašanju ministrici Mojci Kucler Dolinar. Bevka zanima tudi to, kdaj bo vrt dobil rastlinjak in kdaj se bo začela že od leta 1974 predvidena širitev dejavnosti na novi lokaciji - pod Rožnikom ob Biološkem središču.

Vodja vrta, dr. Jože Bavcon je bolj skromen: "Naše težave je mogoče zelo preprosto rešiti. Potrebujemo le dvanajst ljudi z različno izobrazbo, za kar je treba odšteti 175.000 evrov na leto, kar ni velik denar". V vrtu trenutno za 4500 rastlin skrbijo le štirje vrtnarji, ki morajo torej obvladovati 1200 različnih enot, znanje diplomiranega študenta pa pokriva le 150 do 200 rastlin. V Zagrebu, na primer, za enako število zasajenih enot skrbi 27 vrtnarjev. Bavcon poudarja, da kljub težkim gmotnim razmeram ljubljanski botanični vrt deluje uspešno. To potrjuje tudi njegova predstavitev med 10 odstotki najpomembnejših svetovnih botaničnih vrtov v ugledni publikaciji Botanic Gardens a Living History. Bavcon dodaja: "Mogoče je naš problem to, da predobro delujemo." Goran Tomšič, predstavnik univerze, pojasnjuje, da je MVTZ sicer pravi naslov, kar zadeva zagotavljanje več denarja za vrt, da bi tam lahko zaposlili tudi več delavcev, vendar na botanični vrt ne smemo gledati samo kot na enoto univerze, temveč kot na ustanovo, ki ima širši nacionalni in kulturni pomen, torej rešitev problema "zadeva vrsto drugih naslovov, med katerimi so tudi mestna občina in druga ministrstva."

Bavcon ne krivi za nastali položaj Mestne občine Ljubljana, katere odločitev razume zaradi rezanja proračunskega denarja, ne univerze, ki nima svojega denarja, in tudi ne MVZT, saj je pri vseh ministrstvih, na katera se je do zdaj obrnil, naletel na enak odziv - ignoranco in prelaganje odgovornosti. "Slovenija se mora odločiti, ali takšno ustanovo, ki predstavlja državo, potrebuje ali ne; le tako bo problem mogoče rešiti," meni Bavcon.