V vrtu vsako leto nabiramo semena rastlin za lastne potrebe in tudi za izmenjavo med botaničnimi vrtovi. Vsako leto sodelujemo pri izmenjavi seznamov semen (Index seminum) z 293 vrtovi po svetu, kar je približno 18% svetovnih vrtov. V lanskem letu je naše seme naročilo 178 vrtov, kar predstavlja 10% vseh vrtov. Gre za utečeno brezplačno izmenjavo semen za raziskovalne in pedagoške namene. Imamo semensko banko rastlin, ki jih gojimo v vrtu, začenjamo pa tudi s semensko banko rastlin z naravnih rastišč.
V semenski banki Botaničnega vrta Univerze v Ljubljani pa so shranjena semena rastlin iz narave in vrta. Preko 850 vrst iz narave se nahaja v trajni semenski banki (-20oC) kar pomeni preko 24 % naše flore. V suhi semenski banki pa je preko 3500 vrst tako iz narave kot iz vrta. Vseh enot v trajni semenki banki je 1.680 v suhi pa 15.239 enot, skupno torej 16.919 enot, kar samo semensko banko uvršča zopet v sam vrh semenskih bank botaničnih vrtov v Evropi. Zaradi svoje velikosti in kvalitete semenske banke, je bila semenska banka Botaničnega vrta Univerze v Ljubljani leta 2016 na svetovnem kongresu v Ženevi uvrščena v mrežo ENSCONET. Ostali člani omenjene mreže imajo skupaj le nekaj več kot 12.000 enot.
